تعتبر مشكلة النفايات واحدة من أهم المشاكل البيئية التي عانت وتعاني منها منطقة جزين.
ففي فترة الاحتلال الاسرائيلي، كان يوجد مكبين للنفايات في المنطقة، وبعد التحرير اقفلت بلدية جزين السابقة المكبين وتعاقدت مع "الشركة الجديدة للتجارة والتعهدات"   NTCC التي تكفلت بجمع النفايات ونقلها الى مكب مدينة صيدا ما ساهم بحل مؤقت للمشكلة. الى ان اتى عرض الاتحاد الاوروبي لاتحاد بلديات منطقة جزين السابق بانشاء معمل لفرز ومعالجة النفايات عبر تقديم هبة بقيمة مليون و149 الف و998 يورو (بما فيها شراء قطعة ارض لانشاء المعمل) الا انه طلب في المقابل تأمين قطعة ارض، لكن للاسف ولاسباب سياسية لم يتمكن الاتحاد السابق من تأمين قطعة ارض في كفرفالوس وكذلك رفض النائب السابق في المنطقة وهو من الساحل تقديم قطعة ارض في بلدة المحاربية كما تم رفض اعطاء قطعة ارض في عدوس للاسباب نفسها.
وبسبب معاندة ومكابرة الممانعين والرافضين في ذلك الوقت، خسر اتحاد بلديات منطقة جزين السابق الهبة وحصل فقط على 8 شاحنات  لجمع النفايات.
بعد انتهاء الانتخابات البلدية الاخيرة وتولي الاستاذ خليل حرفوش رئاسة اتحاد بلديات منطقة جزين الحالي، برز اختلاف في وجهات النظر بين "الشركة الجديدة للتجارة والتعهدات" والاتحاد، اذ طلبت الشركة اقامة مكب للنفايات داخل قضاء جزين هذا الامر رفضه بشدة رئيس الاتحاد، وفُض العقد بالتراضي بين الطرفين ووقع الاتحاد عقداً جديداً مع "شركة ادارة الخدمات والنفايات" WMS التي تعهدت بنقل النفايات الى خارج قضاء جزين.

الا ان ذلك يعتبر حلاً مؤقتاً لمشكلة النفايات، من هنا، بدأ اتحاد بلديات منطقة جزين بالتفكير جدياً بانشاء معمل لفرز ومعالجة النفايات وصرح رئيس الاتحاد الاستاذ خليل حرفوش عن هذا الامر في اكثر من مناسبة مشدداً على اهمية هذا المشروع كونه ركيزة اساسية في تحسين الوضع البيئي والصحي لاهالي المنطقة خصوصاً ان اكثر من 50% من نفايات القضاء موجودة في بلدة جزين كما ان انشاء هذا المعمل سيساعد على التخلص من النفايات بالطرق الحديثة بدلاً من الطرق البدائية وخلق فرص عمل.
اما الآلية لانشاء المعمل فمرت بدراسة الاثر البيئي للارض من قبل شركة SES لايجاد الارض المناسبة وقد اظهرت الدراسة ان الارض في المنطقة الصناعية مناسبة وقد تم الاتفاق مع بلدية جزين على استئجار عقار فيها، وارسلت الدراسة الى وزارة البيئة بحسب القوانين المرعية الاجراء واتت الموافقة من الوزارة كما حضّر الاتحاد دفتر الشروط على ان يطلق المناقصة في آخر ايلول.
وشدد حرفوش على انه سيكون من احدث المعامل في لبنان وسيتم وضع مستشار لمراقبة الجودة في المعمل خلال التنفيذ وعند التشغيل Quality control واطلق حرفوش نداءً الى جميع المسؤولين في المنطقة لوضع السياسة جانبًا والعمل يداً بيد لمصلحة اهالي المنطقة.
وبالعودة الى المشاريع التي اطلقها الاتحاد ايضاَ، لحل مشكلة النفايات هي مشروع تشجيع الفرز من المصدر من خلال حملة "فكر قبل ما تكب" التي اطلقها الاتحاد في المدارس الرسمية والخاصة وهو يعمل على تعميمها على 5 قرى في المرحلة الاولية.
وسيقوم الاتحاد بتوزيع 3 مستوعبات (مستوعب لفرز الكرتون والورق، مستوعب للنفايات العضوية، مستوعب للنفايات الصلبة) على المنازل ونقاط التجمع في هذه القرى.

الى ذلك، يعمل الاتحاد ايضاَ على مشروع فرز النفايات الطبية
DASRI (Déchets d'Activités de Soins à Risques Infectieux)
من المستشفى والعيادات والمستوصفات نظراً لما تسببه هذه النفايات من ضرر بيئي وصحي.